Em um futuro pós-apocalíptico, a humanidade foi forçada a abandonar a Terra após perder uma guerra contra criaturas monstruosas conhecidas como Naytibas. Para recuperar seu planeta natal, EVE e seu esquadrão são enviados da Colônia para lutar contra os Naytibas e retomar a Terra. Durante sua missão, EVE encontra Adam, um sobrevivente que a leva até Xion, a última cidade humana remanescente no planeta. Lá, EVE estabelece contato com Orcal, um ancião, e começa a formar relações com os habitantes de Xion, tudo com o objetivo de salvar a humanidade e reconquistar a Terra.
